胡椒研磨器的基本原理是利用內部的磨芯來將胡椒粒研磨成粉末。
這個磨芯通常由內外齒狀的零件組成。當操作研磨器時，通過轉動研磨器的手柄或旋鈕，這些齒狀的零件會相互配合，對胡椒粒進行碾碎和研磨。這個過程可以分為幾個步驟，首先整顆的胡椒會落入粗齒的齒隙中，被碾碎，然後落到細齒的齒隙中，最終被碾磨成更細的粉末。
此外，一些研磨器設計有可以調節研磨粗細程度的機制，這通常是通過旋鈕帶動內研磨齒上下移動，調整兩個研磨齒之間的間隙來實現的。這樣，用戶可以根據需要調整研磨的粗細程度，從而得到適合不同烹飪方式所需的胡椒粉粒度。