胺基酸可以根據不同的標準進行分類：
按照是否為蛋白質的一部分。胺基酸可以分為蛋白質胺基酸和非蛋白質胺基酸。蛋白質胺基酸，也稱為標準胺基酸，是那些直接參與蛋白質分子合成的胺基酸。
根據側鏈基團的不同。胺基酸可以分為脂肪族胺基酸、芳香族胺基酸、雜環胺基酸、含硫胺基酸和含碘胺基酸等。
根據人體是否需要從食物中攝取。胺基酸可以分為必需胺基酸和非必需胺基酸。必需胺基酸是人體無法合成或合成速度不能滿足需求，必須從食物中獲取的胺基酸。非必需胺基酸是人體可以自己合成的，不需要從外部獲取的胺基酸。
根據化學性質。胺基酸可以分為酸性胺基酸、鹼性胺基酸和中性胺基酸。
此外，還有分類將組氨酸列為半必需胺基酸，這是因為它在某些情況下（如兒童或特定疾病狀態）被認為是必需的，但在其他情況下可能不是。