藥師咒即藥師琉璃光如來灌頂咒，唸誦時需注意語音的純正，由於漢字注音無法準確表達原音，理想的是按照梵文字母的拼寫來唸誦。以下是藥師咒的漢字注音：
南nā 薄mó 謨bó 伽qié 伐fá 帝dì。鞞pí 殺shā 社shè。窶jù 嚕lǔ 薛bì 琉liú 璃lí。鉢bō 喇lá 婆pó。喝hé 囉là 闍shé 也yě。怛dá 他tā。揭jiē 多duō 也yě。阿ā 囉là 喝hē 帝dì。三sān 藐miǎo 三sān 勃bó 陀tuó 耶yě。怛dá 侄zhí 他tā。唵ōng。鞞pí 殺shā 逝shì。鞞pí 殺shā 逝shì。鞞pí 殺shā 社shè。三sān 沒mó 揭jiē 帝dì。莎suō 訶hē。