治理赤潮的措施主要包括以下幾種：
控制氮磷等營養物質的入海總量。這可以通過減少陸源和海上排放的污染物質來實現，從而降低海水的富營養化程度。
種植海草。海草能夠吸收海水中的營養鹽，不僅具有經濟性，還有助於淨化海水。
近海養殖雙殼類生物。例如生蚝，這類生物能夠過濾掉許多藻類，從而淨化海水。但需注意水產品質量安全。
使用粘土法。通過撒播特殊的複合改性粘土，利用其絮凝作用去除赤潮生物。這種方法針對性強，見效快，適用於小面積赤潮的治理。
生物防治法。利用濾食性貝類、浮遊動物、藻類、細菌或病毒等來捕食或殺死赤潮藻。
化學除藻法。使用化學藥劑對藻類細胞產生破壞或抑制生物活性，以此控制赤潮生物。
物理法。例如使用網箱轉移或隔離受赤潮影響的水體，減少赤潮的危害。
加強水質管理。減少排放到水體中的有機物和無機鹽，控制農田面積和施肥量，合理利用化肥，防止污水直接排放到海洋。
建立赤潮早期預警系統。通過有效的赤潮監測網路和預警機制，及時發現和應對赤潮事件。
社會教育和宣傳。通過各種新聞媒介增強公眾對赤潮的認識和防災意識。
這些措施可以根據具體情況和需要選擇套用，有的放矢地治理赤潮。