農用鏈黴素的使用方法根據不同的作物和病害有所不同，以下是一些常見的使用指南：
防治大白菜軟腐病、黃瓜細菌性角斑病等。使用200ppm農用鏈黴素藥液噴霧，發病初期開始，每隔7到10天噴一次，連續噴2到3次。
防治西紅柿、甜（辣）椒青枯病。使用100到150ppm農用鏈黴素藥液灌根，每株灌藥液0.25公斤，每隔6到8天灌一次，連續灌2次。
防治西紅柿潰瘍病。按1克農用鏈黴素加水15升的比例，移栽時每株澆灌藥液150毫升。
防治黃瓜細菌性角斑病。使用220ppm農用鏈黴素浸種30分鐘，然後催芽播種。
防治蘭花軟腐病。稀釋2000到3000倍液，每隔7天噴霧一次，連續噴3到4次。
防治柑橘潰瘍病和水稻白葉枯病、軟腐病。在發病期，每畝使用72%農用硫酸鏈黴素（可溶性粉劑）13.8到27.8克，兌水50到75公斤均勻噴霧。
使用農用鏈黴素時需注意：在作物發病初期使用效果最佳，噴霧必須均勻周到；不能與生物藥劑如殺蟲桿菌、青蟲菌等混合使用；使用濃度一般不超過220ppm以防產生藥害；可以與某些農藥混合使用以增強效果。