酶工程，又稱蛋白質工程學，是一門結合酶學理論與化工技術、微生物技術的新技術，主要套用於工業領域。
酶工程的核心在於利用酶的催化功能，通過特定的反應器和反應條件，催化化學反應，以生產所需的產品或服務於其他目的。酶工程涉及多個方面，包括酶的製備、分離純化、固定化、酶及固定化酶反應器的設計、酶的修飾與改造，以及酶與固定化酶的套用等。此外，酶工程還包括化學酶工程和生物酶工程兩個分支，前者主要涉及天然酶、化學修飾酶、固定化酶和人工模擬酶的研究和套用；後者則是將酶學原理與基因技術有機結合，通過基因工程技術大量生產酶、對酶基因進行修飾、產生遺傳修飾酶、設計新酶基因等。
酶工程的套用非常廣泛，主要集中在食品工業、輕工業、醫藥工業等領域。