《鬼武者3》的操作方法如下：
移動。使用左搖桿控制角色移動，右搖桿控制視角，L1鍵快速移動，X鍵跳躍，O鍵下蹲，R1鍵輕點移動，L2鍵跳躍。
普通攻擊。按住方塊鍵進行連續攻擊，三角鍵進行重擊，圓圈鍵進行輕敲。某些攻擊組合包括方三角鍵的空中攻擊，方圈鍵的多段攻擊。
召喚技能。L1 R1鍵召喚技能，如鬼神附體，提高攻擊力、抗性和移動速度；L1 R2鍵召喚鬼神一段時間的技能，提高攻擊力、防禦力和抵抗力；L1 X鍵釋放閃電攻擊，對敵人造成眩暈；L1 O鍵釋放招魂技能，對敵人造成減速效果；L1三角鍵釋放鬼火技能，對敵人造成眩暈；L1圈鍵釋放風暴技能，對敵人造成混亂。
特殊技能。L1 X鍵釋放斬殺技能，對敵人造成大量傷害；L1 O鍵釋放招魂技能，對敵人造成減速效果；L1三角鍵釋放鬼火技能，對敵人造成眩暈；L1圈鍵釋放風暴技能，對敵人造成混亂。
防禦。按住L鍵進行防禦。
特殊操作。如閃避（按下空格鍵），連鎖攻擊（連續攻擊敵人使其進入眩暈狀態），蓄力攻擊（按下J鍵不放），鬼術（按下L鍵不放）等。
此外，遊戲中的方向鍵用於移動角色，J鍵為攻擊鍵，K鍵為跳躍鍵，L鍵為防禦鍵，F鍵為射擊鍵（某些角色擁有）。玩家還可以通過按住M鍵進行調查和確定，從吸魂選單中取消則使用Shift鍵。