魚腥草是一種多年生草本植物，株高約爲15至50釐米，全株具有特殊的魚腥臭味。它的莖呈扁圓柱形，扭曲，長度約爲20至35釐米，直徑約爲0.2至0.3釐米；表面爲棕黃色，具有數條縱棱，節明顯，下部節上有殘存的鬚根；質地脆，易折斷。
魚腥草的葉片互生，卷折皺縮，展平後呈心形，長3至8釐米，寬3至4.5釐米；葉片先端漸尖，全緣；表面顏色上爲暗黃綠色至暗棕色，下表面爲灰綠色或灰棕色；葉柄細長，基部與托葉合生成鞘狀。
魚腥草在夏季開花，具有穗狀花序，頂生，黃棕色；花小而密集，無花被，僅有極小的1小苞片。魚腥草的果實爲卵形，頂端開裂，種子多數，卵形，有條紋；花期在5至7月，果期在7至9月。