《使命召喚：現代戰爭3》的故事發生在現代和虛構的地點，主要講述了一支俄羅斯特種部隊對抗全球大型軍事陰謀的故事。遊戲的主角是前戰士沃倫·貝爾，他被賦予了拯救一場會議的參與者，這場會議的參與者被認為是俄羅斯的救贖。然而，隨著主角深入調查，發現這場會議的真實目的可能與一個更大的全球陰謀有關。最終，主角和他的團隊需要阻止一個計畫在全球範圍內進行恐怖攻擊的計畫。
此外，該作的故事也加入了一些其他元素，例如反派角色之一是前維和組織士兵，而另一個反派角色則是一個恐怖組織頭目，這兩個角色都與現代戰爭中的一些現實世界問題相關。
總的來說，《使命召喚：現代戰爭3》的故事情節豐富，具有很強的現實性，同時也為玩家提供了沉浸式的遊戲體驗。