GUNDAM UNICORN的故事圍繞著新型機動戰士GUNDAM UNICORN（新安洲）展開。這是一個由RX-0 Unicorn Gundam繼承而來的型號，具有強大的力量和神秘的外表。
在這個故事中，GUNDAM UNICORN被分配給了年輕的駕駛員剎那·F·清音，他是由殖民地聯邦的“Newtype”能力者、“ZETA”高達駕駛員選拔計畫選出的新駕駛員。這個故事中還涉及到了反地球聯邦政府組織“永恆號”的提坦斯，以及與聯邦敵對的“新吉恩”等其他勢力。
此外，GUNDAM UNICORN的故事還包括了各種複雜的政治背景和軍事衝突，以及人類與異星人之間的戰爭等情節。這些情節使得整個故事更加豐富和有趣。
總的來說，GUNDAM UNICORN的故事是一個充滿戰鬥、冒險和成長的故事，它講述了一個年輕的駕駛員如何駕駛新型機動戰士GUNDAM UNICORN，在各種勢力之間戰鬥，最終成長為一個真正的英雄。