ITS序列是指位於真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之間的內源轉錄間隔區（Internally Transcribed Spacer），具體分為ITS 1和ITS 2。以下是其詳細介紹：
進化特徵。這些區域在進化上相對不保守，因此能夠承受更多的變異，在種內和種間表現出顯著的序列多態性，這一特性使得ITS序列在真菌分類鑑定和系統發育分析中非常有用。
套用。ITS序列的長度適中，一般在300到1000鹼基對（bp）之間，由於其序列進化速度較快，在不同種屬間具有一定的特異性，因此可以用於不同生物型、菌株、種、屬之間的系統學研究，在物種分類與鑑定、種質資源鑑定、遺傳多樣性分析、親緣關係分析、系統發育研究與病原診斷等方面具有重要價值。
獲得方法。傳統上，通過PCR擴增ITS區序列並進行Sanger測序來獲取這些序列，隨著技術的發展，特別是二代測序技術的套用，現在可以更有效地獲取和分析ITS序列，例如，這種方法已經被用於鑑別栽培品種的雜交起源等。