Ka/Ks分析是一種用於評估基因進化速度的方法，主要套用於遺傳學中。這個比例可以判斷是否有選擇壓力作用於這個蛋白質編碼基因。如果Ka/Ks>1，則認為有正選擇效應，如果Ka/Ks=1，則認為存在中性選擇，如果Ka/Ks<1，则认为有純化選擇作用。
Ka和Ks的計算公式為：Ka=發生非同義替換的SNP數/非同義替換位點數，Ks=發生同義替換的SNP數/同義替換位點數。同義替換位點數就是不會造成胺基酸變化的位點數的總和，比如編碼絲氨酸的第三位鹼基。而非同義替換位點數就是會造成胺基酸變化的位點數的總和，比如編碼絲氨酸的第一二位鹼基。
需要注意的是，這個比值並沒有考慮不同鹼基之間發生替換的速率的不同，比如，嘌呤之間替換的機率要高於嘌呤替換為嘧啶的機率。另外，兩個物種分化時間的長短也會影響到Ka/Ks的比值。