POS機刷卡手續費的處理方式主要包括以下幾個方面：
當使用POS機刷卡時，可以設定「應收賬款—信用卡賬戶」。在根據刷卡單據確認收入時，會計分錄為：借「應收賬款—信用卡賬戶」，貸「主營業務收入」和「應交稅金—應交增值稅(銷項稅)」。
當收到銀行進賬單時，會計分錄為：借「銀行存款」，貸「應收賬款—信用卡賬戶」和「財務費用—手續費」。這裡的「財務費用—手續費」是指POS機收款的手續費。
在實際操作中，手續費的具體金額可以通過以下方式計算：刷卡手續費=刷卡金額×刷卡費率。例如，如果POS機的刷卡費率為0.63%，刷卡金額為1萬元，則手續費為63元。
此外，在財務管理中，還有一種稱為經辦費的概念，主要指在某項收支行為中，有關當事人必須支付一定費用以利於交易順利完成的費用。如在銀行結算時，有銀行手續費，則可將其歸入經辦費，賬務處理方式為借「經辦費」，貸「應付賬款」。