SAM檔案是一種用於存儲序列比對信息的純文本檔案，主要套用於生物信息學領域，用於表示測序數據與參考基因組之間的比對結果。
SAM檔案分為兩個主要部分：頭部（head section）和比對（alignment section）。頭部包含一些描述比對檔案的元數據，而比對部分則詳細列出序列比對的結果，包括序列名稱、比對到的染色體位置、比對質量等信息。SAM檔案是一種非常緊湊和易於解析的形式，常用於分析和可視化序列比對數據。
此外，SAM檔案還有兩種常見的衍生格式，分別是BAM（Binary Alignment/Map Format）和CRAM（Compressed Row Alignment/Map Format），它們是SAM檔案的二進制壓縮版本，用於提高存儲效率和處理速度。