SQL Server的加密功能主要包括對稱加密和非對稱加密兩種方式。對稱加密使用相同的密鑰進行數據的加密和解密，而非對稱加密則使用不同的密鑰（公鑰和私鑰）進行數據的加密和解密。SQL Server在加密過程中，會使用對稱密鑰對數據進行加密，同時使用非對稱密鑰（公鑰和私鑰）來保護對稱密鑰。這種方法的優點是既保證了數據加密的高性能，又提高了密鑰的安全性。
SQL Server的加密功能還包括數據加密和密鑰管理兩部分。數據加密方面，SQL Server支持多種加密算法，包括但不限於透明數據加密（TDE）、列級加密等。透明數據加密（TDE）是一種用於保護資料庫檔案的技術，它使用加密算法對資料庫檔案進行加密，即使資料庫檔案被竊取，也無法直接讀取其中的數據。列級加密則允許用戶對資料庫中的特定列進行加密，以保護敏感數據。
在密鑰管理方面，SQL Server使用服務主密鑰（SMK）和資料庫主密鑰（DMK）來保護敏感數據。服務主密鑰是SQL Server加密層次結構的根，它在第一次啟動SQL Server實例時自動生成，用於對連結的伺服器密碼、憑據和每個資料庫中的資料庫主密鑰進行加密。資料庫主密鑰則用於保護存儲在資料庫中的敏感數據。
此外，SQL Server還支持使用證書來配置加密設定，可以加密到SQL Server的所有傳入連線，也可以僅為一組特定的客戶端啟用加密。從SQL Server 2019 (15.x) 開始，證書管理已集成到SQL Server配置管理器中，簡化了證書的管理過程。