三教同源的故事有很多，其中比較著名的一個故事是：
一天，孔子、老子和莊子三位賢人相約來到一家酒館，品嘗美酒，各自談論自己的學說。酒至半酣，孔子說：“我周遊列國，勸說君王，按照周禮治理天下，如果讓我聽到一種最高明的治國方略，那就是待在虛無飄渺的境地，把握世界的至理。我現在一直在推崇仁義啊！” 老子微笑著說：“孔夫子您所說的正是我所摒棄的。天下萬物都有產生和歸屬，為什麼偏偏是人為的規範可貴呢？我是個散淡的人，從來不希罕任何東西。不捨不得，去留隨意。但我所崇尚的道更接近於道呢。”莊子接過話茬說：“孔夫子和老子所談的都是超脫塵世的道德，可對人世事務都不加留意，難道只有世界大同才符合他們的心愿嗎？在昆蟲和鳥獸中，優伶的歌手備受讚譽和喜愛，智謀非凡的烏龜和蛇等卻常遭災不幸。我認為最好的也是天生的蠢材！”老子對孔、莊兩人的爭論很不滿意，一針見血地指出他們的缺點：脫離現實。
這個故事中，孔子、老子和莊子都表達了自己對道的理解，並就三教同源的問題進行了討論。這個故事說明了三教同源的思想是相互融合、相互影響的。
這只是三教同源故事中的一個例子，實際上，三教同源的故事還有很多，它們在不同的歷史時期和文化背景下都有不同的表現形式和意義。