倒藻現象通常是由多種因素引起的，主要包括：
環境變化。天氣突變（如暴雨、寒潮）、溫度的急劇升高或降低、氣壓變化等，這些都可能導致藻類無法適應而死亡。
營養過剩或缺乏。水體中氮、磷等營養物質過多或不足，都會影響藻類的正常生長，導致其死亡。
光照問題。過強的光照或水體過於清澈可能導致光照過強，而過弱的光照則可能抑制藻類的生長。
水體流動不足。缺乏水體流動可以導致藻類在局部區域集聚並大量繁殖。
生物平衡失調。水生生態系統的生物平衡是防止藻類繁殖的關鍵，過度捕食者或水生動物的過度捕食可能導致藻類大量繁殖。
病菌感染。藻類同樣會受到病毒、細菌等微生物的侵襲，一旦感染，可能會引發疾病，進而導致藻類的大規模死亡。
管理不當。包括不恰當的施肥、使用消毒劑、殺蟲劑等，特別是使用對藻類殺滅作用比較厲害的產品。
藻相單一。某些藻類成為優勢種群，如藍藻、裸甲藻等，這些藻類老化死亡時會引發倒藻。
底部環境差。池塘底部環境差，如有機質氧化分解增加耗氧量，抑制好氧菌促進厭氧菌生長繁殖，導致藻類失去生長必需的營養來源而大量死亡。