佩戴水晶時，應考慮水晶的屬性和功能，選擇合適的佩戴位置。例如，爲保健目的應佩戴在身體相應部位附近，聚財目的可佩戴在錢包或手袋等錢財進出地方，改善睡眠則可在牀頭櫃放置相應水晶。
水晶的佩戴時間也很重要，特別是對於敏感體質者，初次佩戴不宜超過兩小時，長期佩戴總時間應控制在8小時以內。長時間佩戴可能影響氣血循環，特殊情況下如手術時需摘下水晶。另外，水晶需要定期清洗和保養，常用的清洗方法有常溫水清洗法、經海鹽水洗法和陽光照射法。
佩戴水晶的原則是“左進右出”，通常左手佩戴較強烈的、活躍的晶石，如白水晶、粉水晶等，右手佩戴柔和的、安定的晶石，如黑曜石、茶晶等。不過，這一原則可根據個人氣場差異適當調整。
此外，水晶首飾應經常佩戴以發揮效果，但在洗澡、做飯時不宜佩戴，以免損害首飾或影響效果。長時間佩戴後，部分水晶需要消磁淨化以保持其能力。摘下首飾時應妥善存放，避免亂放。