乘坐日本地鐵的步驟大致如下：
購票。到達地鐵站後，首先找到自動售票機，通常位於站臺入口附近。自動售票機支持多種語言，即使不熟悉日語也能使用。選擇目的地後，屏幕上會顯示票價，投入相應金額的日元（信用卡通常也接受付款），然後取出車票。日本地鐵票種類包括單程票、往返票、一日票和預充值卡。
進入地鐵站。將車票插入自動檢票機的插口，然後取回車票即可進站。進站時要確認線路方向，避免進入反方向的車站。
乘坐地鐵。日本地鐵的線路圖和車身顏色標識清晰，易於辨認。在車門上方可以查看當前和目的車站信息。
換乘和離站。在換乘站，通常有中、英、日三種語言指示，按照指示換乘即可。下車後，可以在地鐵信息看板上查詢出口編號和最近的車站出口。出站時，將車票投入出站閘機或掃描機卡。
此外，日本地鐵站通常位於城市的主要交通樞紐、火車站、購物中心或繁忙的街道上。地鐵站出入口的閘機是關閉的，乘客需要將車票塞入才能通行。如果因坐過站或票價不足，可以在補票機處補票。另外，日本地鐵的車廂內設施也很舒適，例如女性專用車廂（在早晚高峯時僅限女性乘坐），以及絨面織物的座椅。