柚子剪枝的目的是保持樹形、促進健康生長、提高果實質量和產量。剪枝的最佳時間通常是在冬季休眠期間，即採果後的早冬或晚冬，以及夏季的放秋梢前15-20天。
剪枝時，應先去除交叉枝、重疊枝、叢生枝、乾枯枝、病蟲枝和廕庇枝，以及過密和徒長的枝條。對於結果樹，應輕剪，主要疏除過密和纖弱的枝條，避免短截結果母枝。對於衰老樹，可以採取更新修剪，去除部分老枝，促進新梢的生長。
修剪時，應注意保持樹體的整體平衡和形狀，避免讓過多的枝條集中在一箇區域，以免導致樹木傾斜或不均勻生長。同時，應使用鋒利且清潔的修剪工具，並在修剪後對傷口進行處理，以防病害感染。