殺菌劑可以根據不同的標準進行分類。
根據殺菌劑的使用方式，可以分為保護劑、治療劑和剷除劑。
保護劑。這類藥劑能抑制病原孢子的萌發或殺死萌發的病原孢子，以保護植物免受其害。
治療劑。這類藥物能滲入植物組織內部，通過輸導、擴散或產生代謝物來殺死或抑制病原，恢復植物健康。
剷除劑。這類藥物能直接殺死已侵入植物的病原物。
根據殺菌劑的化學結構，可以分為有機殺菌劑和無機殺菌劑。
有機殺菌劑。例如甲霜靈和三唑酮等，其化學結構較為複雜。
無機殺菌劑。例如硫酸銅和氫氧化鉀等，其化學結構較為簡單。
根據殺菌劑的作用方式，可以分為內吸性殺菌劑和非內吸性殺菌劑。
內吸性殺菌劑。能被植物吸收並通過體內運輸系統到達病菌體內，如多菌靈。
非內吸性殺菌劑。不能被植物吸收，僅在植物表面起作用，如波爾多液。
此外，根據殺菌劑的化學結構，還可以分為醯胺類、二羧醯亞胺類、甲氧基丙烯酸酯類、三唑類、咪唑類、噁唑類、噻唑類、嗎啉類、吡咯類、吡啶類、嘧啶類、喹啉類、氨基甲酸酯類、有機磷類、抗生素類等。