在造夢無雙這款遊戲中，混元珠的使用方法是在挑戰噩夢模式時，玩家可以通過使用混元珠來增加通關後的獎勵次數。例如，如果玩家的獎勵次數原本是3次，使用兩個混元珠後，每次挑戰都會獲得3份獎勵，從而提高獲得額外獎勵的機會。