燕窩的保存方法取決於其狀態，具體如下：
幹燕窩。應徹底晾乾，避免陽光直射。可以將幹燕窩用密封袋或保鮮盒密封，然後放入冰箱冷藏，一般保質期爲三年。如果燕窩輕微發黴，可以用牙刷加少許水擦淨後風乾；若發黴嚴重並有黑色黴點，則不宜食用，因爲燕窩可能已被細菌侵蝕，營養成分流失。
溼燕窩。應先將燕窩擠幹水分，然後用乾淨的器皿盛裝密封，可以放在冰箱冷藏7至15天。如果量多，可以分裝到小盒中放入冰箱冷凍，可保存3至4個月。
已燉好的燕窩。應分裝好，密封置於冰箱冷藏，可以保存7天左右。開啓後應儘快食用完。
此外，對於濃縮類燕窩，未開封前應貯存於冰箱冷藏室，開封后應儘快食用，來不及食用的可放入冰箱冷藏，但不宜存放太久。在保存燕窩時，應注意防潮、防曬和防油，以保持其品質和營養價值。