清理菩提子的方法取決於其類型和污染程度，以下是幾種不同類型菩提子的清理方法：
對於密度較高且表面平滑的菩提子，如星月、鳳眼、龍眼等，可以使用溫水沾溼的毛巾擦拭，但毛巾要擰乾以免水分過多，擦拭後用乾毛巾快速擦乾，並放在陰涼處陰乾。對於這類菩提子，也可以考慮在盤玩前薄薄塗抹一層油，以減少開裂的風險，但注意油量不宜過多，以免使珠子變黑。
對於表面有果肉和纖維殘留的菩提子，如金剛菩提，可以短時間泡水，用刷子清理，但泡水時間不宜過長，一次處理幾顆種子爲宜。清理後使用吸水紙吸乾水分，並放置陰乾。
使用溫和的清潔劑，如溫水和肥皂水，或者專門的珠寶清潔劑，避免使用酸性或鹼性清潔劑。將菩提子浸泡在溫水中輕輕搓揉，或使用軟毛刷輕輕刷洗。清洗後用清水沖洗乾淨，並放在通風處晾乾。
星月菩提在盤玩後應用稍微溼潤的棉布擦拭表面，然後放置在陰涼處陰乾。孔道周圍的毛刺可以用十字搓刀打磨。
每種方法都有其適用場景和注意事項，確保在清理時根據菩提子的類型和髒污程度選擇合適的方法。