馬糞海膽的烹飪方法多樣，可以根據個人口味選擇不同的做法。以下是一些常見的烹飪方法：
清燉海膽：取海膽卵，加水，輔以生薑或蒜片、蔥白或香菇，燒開後即可食用。
生炒海膽：取海膽卵肉，加鹽、酒、糖、薑末等調料，油熱時下料爆炒，熟時加澱粉勾芡。
油煎海膽：取海膽卵肉，加配料，兌蛋清、澱粉，用明火油煎即可。
冰鎮海膽：取海膽卵肉，用冷開水清洗，裝在碎冰墊底的盛器上，冰與海膽隔層薄膜，食時蘸上調料，類似於生喫龍蝦、赤貝等。
海膽刺身：將冰鎮的海膽放在木板上，喫的時候一般會蘸着海鹽或山葵醬油。這種喫法入口即化，鮮甜味美。
海膽蒸蛋：將打碎的雞蛋羹倒入海膽中，蒸熟後灑上蒸魚豉油或海鮮醬油與蔥花一起喫，濃烈的鮮味與甜味讓人慾罷不能。
需要注意的是，雌性馬糞海膽在成熟前期到產卵期卵巢可能會有點苦，這是正常現象，喫一隻雌性馬糞海膽就像開盲盒一樣看手氣。