FPKM是用於評估RNA轉錄本表達水平的一種量化指標，全稱為Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments。
FPKM通過考慮轉錄本長度和測序深度來標準化轉錄本的表達水平，使得不同樣本或條件下測序的轉錄本豐度可以進行比較。具體來說，FPKM計算的是比對到每個基因或轉錄本的片段（fragments）數量，這些片段通常來源於雙端測序，其中一對reads被視為一個片段。FPKM值越高，表示該基因或轉錄本的表達水平越高。與RPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）相比，FPKM使用片段（fragments）而不是reads作為分母的計算基礎，這更適合於雙端測序數據。