《魔法少女小圓》的故事圍繞著就讀於丘比克魔法學院的國中二年級生鹿目圓香展開。鹿目圓香是一個性格內向、善良普通的女孩，因為家庭等因素，圓香一開始並沒有成為魔法少女。但有一天，為了拯救病重的朋也是圓香的契機，她參加了丘比舉辦的魔法少女儀式，並成為了魔法少女。在儀式完成後，圓香需要依靠特殊護符和丘比的守護，實現成為魔法少女時的承諾去戰鬥，並與另一名成為魔法少女的丘比締結契約，一起對抗邪惡的惡魔。然而，隨著故事的發展，圓香逐漸發現，成為魔法少女並不像她原本想像的那般簡單，她需要面對更多的挑戰和困難。最終，在經歷了一系列事件後，圓香和她的朋友們最終戰勝了邪惡力量，實現了她們的願望。
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