烏龜的器官系統主要包括：
皮膚。烏龜的皮膚粗糙，覆蓋著細粒狀或小塊狀的鱗片，起到保護作用，減少與外界的摩擦並降低體內水分的蒸發。
嗅覺器官。烏龜的頭部有兩個鼻孔，但實際上只有一個鼻腔。鼻孔內的骨塊上覆蓋著上皮黏膜，具有嗅覺功能。其中，梨鼻器是主要的嗅覺器官，使烏龜能通過探索氣味來決定前進的方向。
視覺器官。烏龜的眼睛結構典型，具有凸圓的角膜和更圓的晶狀體。睫狀肌發達，可以調節晶狀體的弧度來調整視距。烏龜的視野廣闊，但對靜態物體的反應較為遲鈍。
聽覺器官。烏龜的內耳和中耳結構使其對空氣傳播的聲音反應遲鈍，但對地面傳導的振動較為敏感。這解釋了為什麼烏龜幾乎被認為既啞又聾。
消化系統。包括口、咽、食管、胃、腸和泄殖腔等部分，以及肝脾等消化腺。
呼吸系統。烏龜通過鼻孔和肺進行呼吸，其肺具有海綿樣構造，氣體交換主要在此進行。
循環系統。包括心臟、血管等，負責血液的泵送。
泌尿生殖系統。包括後腎、膀胱和生殖器官如睪丸、附睪、輸精管和交配器等。
骨骼系統和肌肉系統。包括頭骨、脊椎和附肢骨骼，以及支持運動的肌肉。
神經系統。包括大腦、小腦、脊髓等，負責烏龜的感知和運動控制。
這些器官共同構成了烏龜的生理基礎，使其能夠適應其生活環境並維持生命活動。