《殺手：赦令》的故事圍繞著兩位主角迪安·馬斯爾和利奧·馬爾斯展開。迪安是一個充滿困惑的人，他被自己的創造者——神秘組織“暗影之蛇”追殺，同時他的搭檔和愛人也被殺害。為了找出真相，他不得不利用自己的能力展開逃亡。利奧是一個老練的殺手，他與迪安的相遇引發了一系列的故事。
遊戲的故事中還涉及到了其他一些角色，如神秘的暗影之蛇成員、追蹤利奧的另一個組織成員等等。他們之間的關係錯綜複雜，每個人都有自己的目標和動機，這些都為故事增添了深度和複雜性。
總體來說，《殺手：赦令》的故事引人入勝，情節跌宕起伏，角色刻畫深刻，為玩家提供了一個充滿懸念和緊張感的體驗。