《XENOGears》的故事主要圍繞著主人公久瀨響介和神秘的巨大齒輪“XENOGears”展開。響介原本是一個過著平凡生活的青年，然而，在一場事件中，他發現了一個可以操控人類心靈的力量。隨著故事的發展，響介成為了阻止巨大的齒輪吞噬地球的關鍵人物。齒輪實際上是由人類的罪惡和悲傷產生的異次元怪物的媒介，需要通過響介的心靈力量去操縱齒輪進行戰鬥。最終，響介成功阻止了吞噬地球的計畫，但付出了巨大的代價。
故事中還包括許多角色的發展和成長，以及多個複雜的情節和謎團。這些謎團隨著遊戲的進行被逐漸解開，增加了遊戲的緊張感和趣味性。同時，故事中也有許多感人的情節和情感糾葛，使得玩家在體驗遊戲的同時也能感受到角色的內心世界。
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