褐腐病的防治方法主要包括：
農業防治。選擇透氣性好的土壤種植，科學密植以保持田間通風透光，增強植株抗病性。施用充分腐熟的有機肥，重視夏季修剪，改善果園通風透光條件，雨季注意排水降濕，以減少病菌滋生的條件。及時清除病葉、病果、僵果、病枝等，集中銷毀或深埋，以減少病菌來源。
化學藥劑防治。在病害發生初期，及時噴施有效的殺菌劑，如咪唑啉銅製劑、異菌脲、嘧霉福美雙等。重點防治時期包括花期、果實膨大期和轉色期等關鍵階段。
加強栽培管理。合理施肥，及時修剪，增強樹勢，提高抗病能力。對於易感褐腐病的作物，如李子，應注意防治如李小食心蟲等害蟲，以減少病菌的侵入途徑。
生物防治。利用微生物製劑如阿密西達等來防治褐腐病。